Juozas Pundzius gimė 1954 m. sausio 24 d. Plungėje. Jis yra habilituotas biomedicinos mokslų daktaras (1999), profesorius, Lietuvos sveikatos mokslų universiteto profesorius, gydytojas chirurgas, Lietuvos politinis bei visuomenės veikėjas.

Proj. J. Pundzius 1961 m. pradėjo mokytis Plungės 3-iojoje vidurinėje mokykykloje, kurią baigė 1971 m. Tais pačiais metais įstojo į Kauno medicinos instituto Medicinos fakultetą ir 1977 m. jį baigė. Podiplominės chirurginės internatūros studijas jis atliko Klaipėdos respublikinėje ligoninėje ir 1978 m. įgijo gydytojo chirurgo specialybę. Vėliau, 1982-1984 m., tobulinosi Kauno medicinos institute, atlikdamas chirurgijos klinikinę ordinatūrą Kauno medicinos instituto I chirurgijos katedroje.
Juozas Pundzius savo profesinę karjerą pradėjo Plungės rajono centrinėje ligoninėje, kur 1978-1982 m. dirbo chirurgu. Tuo pat metu, 1979-1982 m., jis ėjo šios ligoninės vyriausiojo gydytojo pavaduotojo pareigas.
Persikėlęs į Kauną, 1984-1988 m. dirbo Kauno akademinių klinikų chirurgu. Nuo 1988 iki 1991 m. buvo vyriausiojo gydytojo pavaduotojas. 1989-1993 m. dirbo Kauno medicinos akademijos Bendrosios chirurgijos katedros asistentu ir vyr. asistentu. Jo vadovavimo patirtis gilėjo nuo 1992 iki 1994 m., kai jis buvo Kauno medicinos akademijos Bendrosios chirurgijos katedros vedėjas.
1993 m. J. Pundziui buvo suteiktas pedagoginis docento vardas, o 1999 m. - profesoriaus vardas. Nuo 1995 m. iki 2013 m. jis ėjo Kauno akademinių klinikų generalinio direktoriaus pareigas. Be to, 1996-2010 m. jis buvo Kauno medicinos universiteto prorektorius. Jo akademinis įsitraukimas apėmė ir Senato pirmininko pareigas: 1997 m. Kauno medicinos akademijoje ir 2001-2006 m. Lietuvos sveikatos mokslų universiteto Medicinos akademijoje.
Juozas Pundzius taip pat vadovavo Lietuvos sveikatos mokslų universiteto Chirurgijos klinikai (1998-2010 m. ji priklausė Kauno medicinos universitetui). Nuo 1998 m. iki šiol jis yra Privalomojo sveikatos draudimo tarybos narys.
Šioje lentelėje pateikiami svarbiausi Juozo Pundziaus karjeros ir visuomeninės veiklos etapai:
| Metai | Pareigos / Veikla | Institucija / Sritis |
|---|---|---|
| 1961-1971 | Vidurinės mokyklos moksleivis | Plungės 3-ioji vidurinė mokykla |
| 1971-1977 | Studentas | Kauno medicinos institutas |
| 1977-1978 | Podiplominės chirurginės internatūros studijos | Klaipėdos respublikinė ligoninė |
| 1978 | Įgijo gydytojo chirurgo specialybę | |
| 1978-1982 | Chirurgas | Plungės rajono centrinė ligoninė |
| 1979-1982 | Vyriausiojo gydytojo pavaduotojas | Plungės rajono centrinė ligoninė |
| 1982-1984 | Chirurgijos klinikinė ordinatūra | Kauno medicinos instituto I chirurgijos katedra |
| 1984-1988 | Chirurgas | Kauno akademinės klinikos |
| 1988-1991 | Vyriausiojo gydytojo pavaduotojas | Kauno akademinės klinikos |
| 1989-1993 | Asistentas, vyr. asistentas | Kauno medicinos akademijos Bendrosios chirurgijos katedra |
| 1992-1994 | Bendrosios chirurgijos katedros vedėjas | Kauno medicinos akademija |
| 1993 | Docento vardas | |
| 1995-2013 | Generalinis direktorius | Kauno akademinės klinikos |
| 1996-2010 | Prorektorius | Kauno medicinos universitetas |
| 1997 | Senato pirmininkas | Kauno medicinos akademija |
| Nuo 1998 | Privalomojo sveikatos draudimo tarybos narys | |
| Nuo 1999 | Profesorius | |
| 2001-2006 | Medicinos akademijos Senato pirmininkas | Lietuvos sveikatos mokslų universitetas |
| Nuo 2001 | Nacionalinės sveikatos tarybos pirmininkas | Lietuvos Respublikos Seimas |
| 2003-2006 | Lietuvos universitetų Senatų pirmininkų konferencijos prezidentas | |
| 2006-2009 | Baltijos šalių chirurgų asociacijos vykdomasis prezidentas | |
| 2010 | LSMU Tarybos, Senato narys ir Senato komisijos pirmininkas | Lietuvos sveikatos mokslų universitetas |

Profesoriaus J. Pundziaus svarbiausia mokslinio darbo sritis - virškinamojo trakto chirurgija. Specializacijos kryptis - pilvo chirurgija. Siauresnė specializacija - kepenų, kasos ir tulžies latakų chirurgija, virškinimo trakto kraujavimų diagnostika ir gydymas bei skubi chirurgija. J. Pundzius atlieka sudėtingas pilvo chirurgijos operacijas, kasmet jų atlieka daugiau nei 100.
Jis yra kepenų transplantacijos operacijų Lietuvoje pradininkas. 2000 m. prof. J. Pundzius atliko pirmą sėkmingą kepenų transplantaciją Lietuvoje. Dirbdamas ligoninėje yra atsakingas už Chirurgijos klinikos diagnostinę, gydomąją ir organizacinę veiklą, vadovauja bendroms vizitacijoms, gydytojų konsiliumams, klinikinėms ir patologoanatominėms konferencijoms.
Profesorius J. Pundzius aktyviai bendradarbiauja spaudoje ir yra paskelbęs daugiau kaip 250 mokslinių straipsnių medicinos klausimais. Jis yra daugelio rezidentų vadovas, doktorantų konsultantas, 13 gynimo tarybų pirmininkas, 5 gynimo tarybų, komitetų narys, 6 habilitacijos komitetų pirmininkas, ilgametis medicinos mokslo krypties (06B) doktorantūros komiteto narys, mokslo darbų recenzentas. Paruošė ir skaitė mokslinius pranešimus Pasaulio, Europos, Lietuvos chirurgų, gastroenterologų, onkologų kongresuose. Yra medicinos krypties mokslo programos „Gastroenterologija“ vadovas. Vadovaujant chirurgijos klinikai išaugo daugybė šalyje ir pasaulyje pripažįstamų profesionalių chirurgų, tame tarpe net 11 profesorių.

Nuo 2001 m. iki dabar Juozas Pundzius eina Nacionalinės sveikatos tarybos pirmininko pareigas, kuri yra atskaitinga Lietuvos Respublikos Seimui. Nuo 2002 m. jis yra Lietuvos nacionalinės sveikatos tarybos prie Lietuvos Respublikos Seimo pirmininkas. Taip pat jis yra permanentinis Lietuvos Respublikos Sveikatos apsaugos ministerijos Kolegijos narys.
Profesorius J. Pundzius aktyviai dalyvavo ir tarptautinėje bei universitetinėje veikloje. 2003-2006 m. jis buvo Lietuvos universitetų Senatų pirmininkų konferencijos prezidentas, o 2006-2009 m. - Baltijos šalių chirurgų asociacijos vykdomasis prezidentas. 2010 m. buvo išrinktas Lietuvos sveikatos mokslų universiteto Tarybos nariu, Senato nariu ir Senato komisijos pirmininku. Jis yra buvęs Lietuvos Chirurgų asociacijos prezidentas, Baltijos chirurgų asociacijos prezidentas ir Kauno šachmatų federacijos prezidentas. 1970 m. J. Pundzius buvo Lietuvos moksleivių šachmatų čempionu.
Už savo nuopelnus Juozas Pundzius yra sulaukęs įvairių apdovanojimų ir pripažinimų. 2004 m. jis buvo apdovanotas Lietuvos didžiojo kunigaikščio Gedimino ordino Karininko kryžiumi. 2008 m. jam suteikta LPK nominacija „Profesijos Riteris“, o 2009 m. - Lietuvos nusipelniusio gydytojo vardas. Vėliau, 2010 m., jam įteiktas Kauno apskrities viršininko garbės ženklas, o 2012 m. - Kauno arkivyskupijos gailestingumo medalis.
Kauno klinikų vadovo pareigoms eiti konkursas buvo rengtas kiek kitaip nei kitų įstaigų, kurios turėjo vienintelę steigėją - Sveikatos apsaugos ministeriją (SAM). Kadangi klinikos pavaldžios ne vien SAM, bet ir Lietuvos sveikatos mokslų universitetui (LSMU), į komisiją ir buvo įtraukti abiejų institucijų atstovai. Komisija turėjo du pirmininkus: ministrą Vytenį Povilą Andriukaitį ir LSMU rektorių Remigijų Žaliūną. Pretendentų vertinimas buvęs kitoks, nei vieną steigėją turinčių sveikatos priežiūros įstaigų.
Taip ir susiklostė, pasak sveikatos politiko Antano Matulo, gėdingas profesoriaus J. Pundziaus pralaimėjimas konkurentui 6:0 rezultatu. Viceministras E. Mačiūnas paneigė A. Matulo teiginius, esą profesorius J. Pundzius neišmanąs teisės aktų. Paklaustas apie balsavimo pasirinkimą nulėmusius faktorius, viceministras išliko paslaptingas. Tačiau kitas komisijos narys, LSMU Veterinarijos akademijos kancleris profesorius habil. dr. H. Žilinskas, buvo atviras: „R. Jurkevičius buvo racionalesnis, savo viziją kreipė į įstaigos modernizavimą, inovacijas, o anas savo viziją statė ant įstaigos esamos būsenos. R. Jurkevičius kalbėjo apie daugiau naujovių ne kokioje nors operacinėje, o apskaitoje, vadyboje, bendradarbiaujant su universitetu, laboratorijomis.“
H. Žilinskas apibendrino, kad racionalumas, modernesnės įstaigos vizija, mokslinio potencialo plėtojimas ligoninėje buvo jauno profesoriaus žavesio paslaptis, kuri privertė komisiją vienbalsiai savo balsus atiduoti Lietuvos sveikatos mokslų universiteto prorektoriui Renaldui Jurkevičiui, paliekant nuošalyje 18 metų klinikoms vadovavusį profesorių Juozą Pundzių. H. Žilinskas teigė: „J. Pundzius yra daug padaręs, nusipelnęs vadovas. Mano supratimu, tai - ne pralaimėjimas, o naujos kartos atėjimas. O ta ligoninių vadovų kaita yra svarbus momentas. Juk keičiasi Vyriausybės nariai, universitetų rektoriai. Tai - galimybė ateiti naujiems.”

Juozas Pundzius yra kompozitoriaus Vytauto Jurgučio (g. 1976 m.) senelis. Skulptorius Bronius Pundzius yra Juozo Pundziaus giminaitis.