R. Paksas 2002 m. Lietuvos Respublikos Prezidento rinkimų antrajame ture nedidele persvara aplenkė perrinkimo siekiantį Valdą Adamkų ir 2003 m. vasario 26 m. pradėjo eiti Prezidento pareigas. Skandalas prasidėjo 2003 m. spalio 30 d., kuomet tuometinis Valstybės Saugumo Departamento vadovas Mečys Laurinkus įteikė Generalinei prokuratūrai pažymą, kurioje teigiama, kad Prezidentas yra priklausomas nuo tarptautinių nusikaltėlių ir kyla grėsmė Lietuvos nacionaliniam saugumui.

Pagrindiniai kaltinimai ir apkaltos eiga
Prezidento R. Pakso apkaltos procese buvo suformuluoti trys esminiai kaltinimai:
- Pirmasis kaltinimas: Prezidentas R. Paksas, 2003 m. balandžio 11 d. neteisėtai Jurijui Borisovui suteikęs LR pilietybę už suteiktą finansinę ir kitokią svarią paramą, šiurkščiai pažeidė Konstituciją ir sulaužė duotą priesaiką.
- Antrasis kaltinimas: Prezidentas R. Paksas, sąmoningai leisdamas J. Borisovui suprasti, kad dėl jo teisėsaugos institucijos atlieka tyrimą ir vykdo jo pokalbių telefonu kontrolę, šiurkščiai pažeidė Konstituciją ir sulaužė duotą priesaiką.
- Trečiasis kaltinimas: Prezidentas R. Paksas, siekdamas įgyvendinti jam artimų privačių asmenų turtinius interesus, naudodamasis savo statusu duodamas nurodymus savo patarėjui Visvaldui Račkauskui, pasinaudojant tarnybine padėtimi, siekti per teisėsaugos institucijas paveikti UAB „Žemaitijos keliai“ vadovų ir akcininkų sprendimus, šiurkščiai pažeidė Konstituciją ir sulaužė duotą priesaiką.
2004 m. balandžio 6 d. R. Paksas buvo nušalintas nuo pareigų, balsuojant Seime. Visi trys kaltinimai buvo patvirtinti, atitinkamai 86, 86 ir 89 balsais už. Tam, kad prezidentas būtų nušalintas, reikėjo ne mažiau kaip trijų penktadalių parlamentarų balsų, šiuo atveju - mažiausiai 85 Seimo narių pritarimo.
Prieš visus priešus: veteranų milicijos iškilimas
Teisinė kova ir tarptautiniai sprendimai
Po nušalinimo prasidėjo ilgas teisminių ginčų maratonas tiek Lietuvoje, tiek tarptautinėse institucijose. 2005 m. gruodžio 13 d. Lietuvos Aukščiausiasis Teismas patenkino R. Pakso kasacinį skundą ir panaikino Apeliacinio teismo nuosprendį, kuriuo R. Paksas buvo pripažintas atskleidęs valstybės paslaptį. Aukščiausiojo Teismo išplėstinė septynių teisėjų kolegija nusprendė, kad neužteko neginčijamų įrodymų pripažinti kaltu dėl valstybės paslapties atskleidimo eksprezidentą.
R. Paksas apskundė Konstitucinio Teismo nutarimą Europos Žmogaus Teisių Teismui (EŽTT) dėl Europos žmogaus teisių konvencijos pažeidimo. 2011 m. sausio 6 d. EŽTT paskelbė savo nutarimą, kuriame 14 prieš 3 balsus persvara buvo pripažinta, kad Lietuva pažeidė savo buvusio Prezidento teisę būti išrinktu į Seimą. Teismas nustatė, kad draudimas Paksui dalyvauti Seimo rinkimuose iki gyvos galvos yra per griežta bausmė.
| Institucija | Sprendimo esmė |
|---|---|
| Seimas (2004) | Nušalinimas nuo pareigų dėl priesaikos sulaužymo |
| Aukščiausiasis Teismas (2005) | Panaikintas nuosprendis dėl valstybės paslapties atskleidimo |
| EŽTT (2011) | Pripažintas neterminuotas draudimas dalyvauti rinkimuose neproporcingu |

Vėliau byla buvo tęsiama Jungtinių Tautų Organizacijoje (JTO). JTO Žmogaus teisių komitetas 2014 m. kovo 25 d. priėmė išvadą byloje Paksas prieš Lietuvą, kad Lietuvos Respublika, visam gyvenimui suvaržiusi pareiškėjo teisę dalyvauti Prezidento rinkimuose, pažeidė 1966 m. JT Tarptautinį pilietinių ir politinių teisių paktą.
2021 m. gegužės 28 d. Seimo Ateities komitetas iš konstitucinės teisės ekspertų gavo du galimus variantus teikiant pataisas dėl Konstitucijos 74 straipsnio. Dabartiniai pasiūlymai išsiųsti Seimo politinėms frakcijoms ir gautas preliminarus pritarimas tvirtinti formuluotę, kad per apkaltą pašalintas asmuo kitas Konstitucijoje nurodytas pareigas galėtų eiti nuo apkaltos praėjus ne mažiau kaip dešimčiai metų.