Siekdami užtikrinti vaiko gerovę bei efektyvų problemų sprendimą, vis didesnis dėmesys skiriamas tarpinstituciniam bendradarbiavimui. Tai procesas, apimantis ne tik teorinių žinių taikymą, bet ir praktinių įgūdžių įgijimą, glaudžiai bendradarbiaujant su socialiniais partneriais, tokiais kaip policijos pareigūnai, švietimo bei sveikatos priežiūros specialistai.

Tarpinstitucinio bendradarbiavimo trūkumai įvairiose vaiko teisių apsaugos srityse - viena iš itin aktualių problemų, kuri identifikuojama Vaiko teisių apsaugos kontrolieriaus įstaigos praktinėje veikloje. Siekiant spręsti šias problemas, organizuojami išvažiuojamieji posėdžiai savivaldybėse, kurių tikslas - susipažinti su VTAS ir socialinių partnerių bendradarbiavimo praktika, sprendžiant vaiko teisių pažeidimų atvejus.
Tokių susitikimų metu su rajono Socialinės paramos skyriaus bei centro darbuotojais, Kultūros ir švietimo skyriaus specialistais, mokyklų socialiniais pedagogais, policijos pareigūnais bei kitais už vaikų gerovę atsakingais specialistais aptariama jų veikla, bendradarbiavimo efektyvumas ir iškylančios problemos. Labai svarbu, kad studentai bei būsimieji specialistai turėtų galimybę susipažinti su realia darbo aplinka ir savo teorines žinias taikyti praktiškai.
Dažnai diskusijose pasigendama tam tikrų specialistų dalyvavimo, pavyzdžiui, sveikatos priežiūros atstovų ar prokuratūros darbuotojų. Nors socialiniai darbuotojai palaiko ryšį su greitosios medicininės pagalbos specialistais bei vietos ambulatorijomis, informacija dažnai perduodama ne raštu, o telefonu.
Valstybės vaiko teisių apsaugos ir įvaikinimo tarnybos specialistės pabrėžia, kad VTAS turėtų būti saugoma ir raštu užfiksuota informacija, kad, esant reikalui, ja būtų galima pasinaudoti. Tai užtikrina geresnę atvejo stebėseną ir teisinį pagrindą sprendžiant aktualias vaikų problemas.
Tobulinant tarpinstitucinį susitarimą, pagrindinis dėmesys skiriamas kompetentingų institucijų veiksmų koordinavimui, ypač reaguojant į seksualinio smurto prieš vaikus atvejus. Dokumentuose numatyta aiški procedūra, užtikrinanti operatyvų reagavimą:

Toks struktūrizuotas bendradarbiavimas leidžia užtikrinti, kad informacija tarp institucijų cirkuliuotų laiku, o sprendimai būtų priimami efektyviai, saugant vaiko interesus ir užtikrinant jo teisių apsaugą.